Без темы, о Линуксе ...

Автор: StupidTux Дата: 17.08.2009 02:39
Нашёл такой вот ресурс:

http://parallel.ru/cluster/howto.html

Почитал, стало интересно.
Думаю, дай выложу, вдруг люди увидят что линукс не баловство всё же.

Пишите, если есть что сказать. Отлично! Отлично!

Цитата:
Информация для пользователей Суперкомпьютерного комплекса МГУ

Удаленный доступ, передача файлов, компиляция и запуск приложений.
Удаленный терминальный доступ

Удаленный доступ к вычислительному кластеру осуществляется через головную машину комплекса (skif-mgu.parallel.ru, IP-адрес: 212.192.244.31) и только с тех компьютеров, IP-адреса которых были указаны в заявке при регистрации. Непосредственный терминальный доступ на узлы кластера невозможен.

Для доступа нужно использовать протокол SSH версии 2. Читайте более подробную информацию об удаленном доступе и копировании файлов на кластер.
Хранение файлов

Пользовательские директории (вида /home/<имя пользователя>;-), физически размещенные на системе хранения данных, доступны по сети на всех узлах. Максимальный объем данных в этом каталоге обусловлен дисковой квотой для пользователя. Дисковая квота определяется при регистрации, но в дальнейшем может быть увеличена при необходимости.
Компиляция программ

Для компиляции MPI-программ рекомендуется пользоваться командами mpicc/mpicxx (для программ на С и С++) и mpif77/mpif90 (для программ на Фортране 77/90). Эти команды автоматически подключают заголовочные файлы и библиотеки MPI. Для программ на языке С++ нужно использовать расширение имени файла .C или .cpp, для программ на языке Фортран 90 - .f90.

По умолчанию скрипты mpicc/mpicxx и mpif77/mpif90 работают с компилятором Intel. Для настройки компилятора, с которым хочет работать пользователь, необходимо воспользоваться утилитой mpi-selector. Для получения полного списка доступных в данный момент компиляторов нужно запустить утилиту с опцией --list, для установки необходимого компилятора - с опцией --set <name>, где <name> - один из вариантов, выданных опцией --list. Установленный данной утилитой компилятор сохраняется в качестве компилятора по умолчанию для данного пользователя.

Рекомендуется использовать опции компиляторов для оптимизации программ. Для компиляторов, установленных на нашем кластере, приемлемый уровень оптимизации даёт опция -O3, для справки о других опциях оптимизации рекомендуем обращаться к руководствам по компиляторам. Обращаем Ваше внимание, что при компиляции программ с помощью скриптов mpicc/mpicxx и mpif77/mpif90 не должны использоваться опции -static и -fast.

Если необходимо только скомпилировать один модуль, и не выполнять сборку исполняемого файла, используется опция "-с", например:

mpicxx -c -program2.C

При этом будет создан объектный модуль "program2.o". Объектный модуль не является исполняемым, он используется как один из блоков при компоновке исполняемого файла.

Если необходимо создать исполняемый файл, то имеет смысл воспользоваться опцией -o имя, чтобы задать его имя (по умолчанию его имя будет a.out). Например:

mpif90 -O3 program.f -o program.e

При этом будет создан исполняемый файл program.e, который можно запускать на исполнение командой mpirun.

Для сборки многомодульных приложений целесообразно пользоваться утилитой GNU make.

Простейшие примеры MPI-программ на языках С и Фортране 77/90 доступны, например, в каталоге /share/mpi/mvapich-1.1-intel/examples.

Для компиляции программ, использующих технологию OpenMP, необходимо указать опцию соответствующего компилятора:

* gcc/gfortran: -fopenmp
* icc/ifort: -openmp
* pgcc/pgCC/pgf77/pgf90: -mp

Необходимое число порождаемых нитей можно задать при помощи переменной среды OMP_NUM_THREADS:

export OMP_NUM_THREADS=8

RSS-материал